طیف وسیعی از میکروارگانیسم ها که شامل باکتری ها، آرکی ها، ویروس ها، انگل ها و قارچ می شود مهمان بخش سطحی و درونی بدن انسان می باشند. در مجموع به این جمعیت میکروبی، میکروفلور یا میکروبیوتا گفته می شود. اصطلاح دیگر که گاه معادل میکروبیوتا استفاده می شود میکروبیوم است که از نظر مفهوم با میکروبیوتا متفاوت است و به مجموعه ژنوم های میکروبی یک جمعیت میکروبی گفته می شود. بیشترین و متنوع ترین تعداد میکروبیوتا در روده کوچک و بزرگ یافت می شود.

هر فرد دارای یک شبکه کاملا منحصر به فرد از میکروبیوتا است که توسط DNA فرد و مجموعه عوامل محیطی ، رژیم غذایی تعیین می شود. نوزاد برای اولین بار در دوران نوزادی، هنگام زایمان در کانال زایمان و از طریق شیر مادر در معرض میکروارگانیسم ها قرار می گیرد و تنوع این ارگانیسم ها بستگی به این دارد که نوزاد در معرض کدام گونه میکروبی مادر قرار بگیرد. به مرور زمان با قرار گرفتن در معرض محیط و رژیم غذایی میکروبیوم فرد تغییر می کند و می تواند در راستای سلامتی به صورت مفید باشد یا شخص را در معرض خطر بیشتری قرار دهد چون میکروبیوتاها متشکل از میکروب های مفید و مضر هستند و غالبا به صورت همزیست در بدن انسان زندگی می کنند و برخی بیماری زا هستند ، اما در حالت کلی با یکدیگر به حالت تعادل به سر می برند. به عنوان مثال می توان از عمده ترین باکتری های موجود در روده به Prevotella، Rumminoccus، Bacteroides و Firmicutes اشاره نمود. در محیط روده بزرگ با سطح اکسیژن پایین، باکتری های بی هوازی پیتوسترپتوکوک، بیفیدوباکتریوم، لاکتوباسیلوس و کلستریدیوم حضور دارند که برای مواد غذایی و اتصال به غشای مخاطی روده  (محل اصلی تولید پروتئین های ضد میکروبی)، از رشد بیش از حد باکتری های مضر جلوگیری می کنند. در صورت بروز هرگونه اختلال که ناشی از بیماری های عفونی، رژیم های خاص غذایی، استفاده طولانی مدت از آنتی بیوتیک ها و یا سایر داروهای تخریب کننده باکتری ها است دیس بیوز رخ داده،  تعادل میکروبیوتا به هم ریخته و  فعل و انفعالات طبیعی متوقف شده و بدن مستعد ابتلا به بیماری می گردد.